Rắn thở qua một lỗ nhỏ nằm ngay sau lưỡi gọi là thanh môn. Thanh môn dẫn đến khí quản và vẫn đóng cho đến khi rắn thở.
Khi rắn rít lên, một miếng sụn nhỏ sẽ rung lên, tạo ra âm thanh đặc trưng của rắn. Rắn có khả năng mở rộng thanh môn khi ăn, cho phép nó thở trong khi ăn. Vì rắn không có cơ hoành như động vật có vú nên nó thở bằng cách co các cơ nằm giữa các xương sườn. Giống như động vật có vú, rắn có hai lá phổi. Một lá phổi, phổi gần đầu nhất, chịu trách nhiệm trao đổi oxy. Phổi gần đuôi rắn nhất là một túi khí.
