Chim cánh cụt hoàng đế ở gần đầu chuỗi thức ăn, ăn cá, nhuyễn thể và mực. Chỉ những loài động vật biển có vú lớn mới ăn chim cánh cụt hoàng đế, bao gồm cả cá mập.
Chim cánh cụt hoàng đế nhanh nhẹn và mạnh mẽ trong nước, cả hai phẩm chất khiến nó trở thành một kẻ săn mồi cừ khôi. Nó là một thợ lặn cừ khôi có thể lặn sâu hơn các loài chim khác; kỷ lục lặn của chim cánh cụt hoàng đế lên đến 1.750 feet. Chim cánh cụt hoàng đế thường dành khoảng năm phút hoặc ít hơn mỗi lần dưới nước và chỉ lặn sâu vài trăm feet dưới mặt nước. Loài chim cánh cụt này có thể bơi nhanh khi lặn tìm con mồi.
