Thiếu phần phụ, rắn có các cơ quan đơn giản bao gồm đầu, thân và đuôi. Ngoài ra, một số loài rắn có biểu hiện thu hẹp ngay sau đầu, khiến chúng cũng có một chiếc cổ rõ ràng. Một số dòng rắn nguyên thủy, chẳng hạn như boas và trăn, vẫn giữ lại phần xương chậu của chúng. Kiểm tra đuôi của những con rắn như vậy sẽ phát hiện ra những móng vuốt hoặc cựa nhỏ, là những phần còn lại của chân sau từng được gắn vào xương chậu của chúng.
Rắn có một số bộ phận cơ thể độc đáo. Lỗ mở vào đường ruột của rắn được gọi là lỗ thông hơi. Lỗ thông được xác định bằng cách lưu ý một quy mô lớn, hình bán nguyệt gần cuối sau của con rắn. Đuôi rắn bắt đầu từ lỗ thông hơi và kéo dài đến cuối cơ thể. Các loài khác nhau đã tiến hóa các loại đuôi khác nhau. Các loài sống trên cây, chẳng hạn như trăn cây xanh, có đuôi đặc biệt dài giúp chúng bám chặt các cành cây. Ngược lại, các loài sống trên mặt đất, chẳng hạn như chân vua, có đuôi tương đối ngắn. Rắn đuôi chuông có đuôi tiến hóa tạo ra tiếng ồn khi lắc.
Rắn không có lỗ tai ngoài, mặc dù chúng có một số cấu trúc tai trong. Rắn thiếu mí mắt; thay vào đó, chúng có vảy rõ ràng, được gọi là kính, để che mắt. Điều này bảo vệ mắt của chúng và giúp chúng không bị khô. Nhiều boas và trăn có vết lõm ở vảy môi, giúp chúng phát hiện nhiệt từ môi trường xung quanh.
