Cá sấu thở bằng cách hít không khí vào phổi. Chúng không có mang và không thể thở dưới nước, mặc dù chúng có thể ở dưới nước trong khoảng thời gian lên đến hai giờ và người ta tin rằng chúng có thể giữ được thở lâu hơn nếu cần thiết.
Phổi cá sấu có luồng không khí một chiều, có nghĩa là không khí di chuyển qua phổi phần lớn là không khí trong lành và có hàm lượng oxy cao. Phổi chim cũng có luồng khí chuyển động một chiều. Phổi của động vật có vú có luồng không khí hai chiều, có nghĩa là không khí di chuyển qua lại vào và ra khỏi phổi. Do đó, không khí đi vào phổi của động vật có vú được trộn với không khí đã ở trong phổi một thời gian. Không khí hỗn hợp này có ít oxy hơn. Trong phổi cá sấu, có nhiều oxy hơn để khuếch tán vào máu.
Cá sấu chủ yếu sống ở nước ngọt. Chúng có xu hướng ngâm mình dưới nước từ 10 đến 15 phút. Khi một con cá sấu lặn dưới nước, lỗ mũi, tai và cổ họng của nó sẽ tự động đóng lại bằng một cái nắp. Các cánh này ngăn không cho nước vào phổi hoặc dạ dày. Cá sấu làm chậm nhịp tim và đóng các đường máu nhất định trong cơ thể chúng, cho phép nhiều máu đến các cơ quan quan trọng hơn. Máu mang oxy đến các cơ quan này, làm chậm nhu cầu thở của cá sấu.
