Cá sấu có thể ở dưới nước trong tối đa 24 giờ nếu chúng cần, mặc dù hầu hết chỉ ở dưới nước trong 20 đến 30 phút. Cơ thể của cá sấu được phát triển đặc biệt để ở dưới nước nếu hoàn cảnh thích hợp cho nó.
Cá sấu chúa rất giỏi trong việc kiểm soát và làm chậm nhịp tim của nó. Cá sấu không được trang bị mang nên chúng không thở dưới nước. Khi một con cá sấu đi xuống dưới nước, một cái nắp sẽ đóng lại khỏi tai và lỗ mũi của nó. Điều này cho phép nhiều máu và oxy hơn đến các cơ quan quan trọng của nó ngay cả khi cá sấu không thở.