Bánh bí ngô nên được bảo quản trong tủ lạnh, trừ khi nó sẽ được phục vụ không quá hai giờ sau khi được lấy ra khỏi lò. Nó cần được bảo quản lạnh sau thời điểm đó vì vi khuẩn có thể phát triển và có thể khiến những người ăn bánh bị bệnh.
Ăn bánh không được làm lạnh có thể gây bệnh vì vi khuẩn phát triển trên thực phẩm làm từ trứng không được giữ lạnh. Ở nhiệt độ từ 40 đến 140 độ F, vi khuẩn sinh sôi nhanh chóng và có thể gây bệnh truyền qua thực phẩm. Tuy nhiên, bánh bí ngô mua ở cửa hàng có chứa chất bảo quản và không tuân theo quy tắc cơ bản này nên không cần bảo quản trong tủ lạnh.
