Thằn lằn, giống như nhiều loài động vật có xương sống, có phổi và hệ thống hô hấp cho phép chúng thở. Chúng khác với động vật có vú và chim ở chỗ chúng không có cơ hoành và thay vào đó chúng thở bằng cách uốn dẻo các cơ trên cơ thể.
Vì chúng cần sử dụng cơ để thở nên thằn lằn thường nín thở khi hoạt động cường độ cao. Một số loài thằn lằn có thể vượt qua hạn chế này bằng cách sử dụng cơ cổ họng để hút không khí vào phổi trong quá trình hoạt động.
Không phải tất cả các loài bò sát đều sử dụng cách thở dựa trên cơ của cơ thể. Cá sấu và rùa đã phát triển các phương pháp thở khác nhau. Cá sấu có cơ hoành cho phép chúng hít thở không khí, trong khi rùa, loài có sự giãn nở của phổi bị giới hạn bởi vỏ của chúng, có một lớp cơ mỏng nằm trên phổi và mở rộng và co lại để đưa không khí vào.
