Chim cánh cụt có nhiều loại động vật ăn thịt, bao gồm hải cẩu, cá voi sát thủ và cá mập. Ngoài ra, chim, cáo và pumas ăn chim cánh cụt khi phạm vi của chúng trùng nhau. Trái với suy nghĩ của nhiều người, gấu Bắc Cực không phải là động vật ăn thịt của chim cánh cụt, vì gấu Bắc Cực sống ở Bắc bán cầu, trong khi chim cánh cụt sống ở Nam bán cầu.
Bất kể loài nào, trứng chim cánh cụt và chim con có nhiều động vật ăn thịt hơn con trưởng thành. Trứng được ăn bởi nhiều loại động vật ăn thịt, bao gồm cả chim và chuột. Nhiều loài chim ăn gà con, đặc biệt là các loài như chồn hôi, chuột cống nhỏ hơn và thú cưng khổng lồ. Chim cánh cụt con Magellenic thậm chí còn bị săn đuổi bởi những con chim cánh cụt lông lớn. Một số con non trở thành con mồi cho rắn, cua và các loài săn mồi nhỏ khác. Cá mập trắng lớn và cá voi sát thủ là những kẻ săn mồi được ghi nhận rõ ràng của chim cánh cụt trưởng thành. Hải cẩu báo ăn thịt cả những loài chim cánh cụt lớn nhất, trong khi hải cẩu lông và hải cẩu Weddell tập trung vào những loài nhỏ hơn một chút. Sư tử biển cũng là kẻ săn mồi quan trọng của chim cánh cụt.
Cách chính mà chim cánh cụt tự vệ trước những kẻ săn mồi là thông qua thói quen xã hội, khả năng bơi lội và kiểu màu chống bóng mờ của chúng. Động vật chống bóng râm có phần lưng tối và phần bụng sáng. Màu tối ngụy trang với đại dương khi nhìn từ trên cao, trong khi màu sáng ngụy trang với bề mặt nước khi nhìn từ bên dưới.
Chim cánh cụt chủ yếu ăn nhuyễn thể, mực và các loài cá nhỏ.
