Đặc tả hệ thống tệp NTFS cho phép mã hóa dữ liệu hoàn chỉnh, mang đến cho người dùng sự bảo vệ mạnh mẽ chống lại việc truy cập dữ liệu trái phép; chỉ những người có mật khẩu mới có thể giải mã dữ liệu. Trên nền tảng Windows, FAT32 chỉ hỗ trợ quản lý quyền thô sơ trên các thư mục chia sẻ, trong khi NTFS cung cấp tính năng quản lý quyền phức tạp.
Mặc dù các tệp riêng lẻ có thể được mã hóa trên bất kỳ hệ thống tệp nào, nhưng NTFS hỗ trợ mã hóa trên toàn hệ thống. Điều này cung cấp cho người dùng một cách để đảm bảo rằng các tài liệu quan trọng được bảo vệ, do đó, lỗi giao thức mã hóa hoặc lỗ hổng trong phần mềm mã hóa không thể dẫn đến lỗ hổng bảo mật.
Hỗ trợ cho các mô hình quyền với FAT32 khác nhau tùy theo hệ điều hành đích, nhưng hệ điều hành Windows thường chỉ cho phép quản lý quyền cấp mạng cho các thư mục chia sẻ. Trên các hệ thống nhiều người dùng, những người dùng muốn bảo vệ thông tin của họ khỏi những người dùng khác phải mã hóa dữ liệu của họ.
Ngoài việc cung cấp bảo mật tốt hơn chống lại truy cập trái phép, NTFS cũng cung cấp bảo mật toàn vẹn tệp tốt hơn FAT32. NTFS lưu trữ nhật ký các giao dịch dữ liệu; các mục nhập được lưu trữ trước khi thông tin được di chuyển, xóa hoặc sao chép. Nếu máy tính bị mất nguồn trong quá trình giao dịch này, nhật ký có thể giúp khôi phục thông tin bị mất và hoàn thành tác vụ. Mặt khác, các phân vùng FAT32 rất dễ bị hỏng dữ liệu. Lỗi này thường có thể sửa được, nhưng dữ liệu vẫn có thể bị mất.
