Các nguồn tài nguyên thiên nhiên chính của Kenya bao gồm thủy sản, nước, rừng, đất ngập nước, đa dạng sinh học và nhiều loại khoáng sản. Những khoáng chất này bao gồm đá vôi, đá quý, muối, kẽm, thạch cao, diatomit, đá vôi và những loại khác.
Cơ sở tài nguyên thiên nhiên của Kenya phải đối mặt với các mối đe dọa từ các hoạt động kinh tế xã hội, chẳng hạn như nông nghiệp, thương mại, du lịch và các khu định cư của con người. Đất nước này cũng phải đối mặt với tình trạng ô nhiễm nguồn nước do chất thải do con người tạo ra, nạn săn trộm và phá rừng, sử dụng phân bón hóa học và thuốc trừ sâu cũng dẫn đến chất lượng nước kém. Do luật sử dụng đất và tài nguyên thiên nhiên chưa đầy đủ, Kenya đã gặp phải tình trạng quản lý tài nguyên và đất đai kém cũng như tranh chấp đất đai dẫn đến tình trạng bất bình đẳng và nghèo đói lan rộng.
Vị trí địa lý của Kenya bao gồm các đồng bằng thấp vươn lên thành cao nguyên nhường chỗ cho Thung lũng Great Rift. Hai con sông lớn của Kenya là Tana và Galana, và một cao nguyên màu mỡ nằm ở phía tây của đất nước. Chỉ hơn 1 phần trăm diện tích đất là cây trồng lâu dài, nhưng hơn 9 phần trăm là có thể trồng trọt được.
Kenya phải đối mặt với lũ lụt trong mùa mưa cũng như hạn hán nghiêm trọng vào các thời điểm khác trong năm. Ngoài ra còn có một số hoạt động núi lửa và phần lớn địa chất của đất nước bị chi phối bởi các kiến tạo rạn nứt dọc theo Thung lũng Great Rift.
