Mặc dù hầu hết mọi người không có phản ứng nghiêm trọng với thuốc cản quang được sử dụng trong quét CAT, các tác dụng phụ thường gặp nhất khi tiêm bao gồm nóng bừng và có vị kim loại trong miệng, theo Imaginis. Một số bệnh nhân cũng bị nổi mề đay ngứa, có thể xuất hiện trên cơ thể trong vòng vài phút hoặc thậm chí vài giờ sau khi tiêm. Trong một số ít trường hợp, các tác dụng phụ nghiêm trọng hơn được báo cáo cần điều trị ngay lập tức, chẳng hạn như khó thở và sưng cổ họng hoặc các vùng khác trên cơ thể.
Các tác dụng phụ thường thấy hơn với thuốc nhuộm tương phản truyền thống, do hàm lượng i-ốt. Tuy nhiên, các dạng tương phản "không ion" mới hơn, chứa các cấu trúc hóa học khác nhau của i-ốt, thường gây ra ít tác dụng phụ hơn, theo ghi nhận của Imaginis.
Trong quá trình quét CAT, chất cản quang được sử dụng để làm nổi bật các cơ quan cụ thể, các mô mạch máu khác, giúp làm rõ hơn các dấu hiệu của bệnh tật hoặc chấn thương khi đọc bản quét. Khi được tiêm, thuốc nhuộm được đặt trực tiếp vào tĩnh mạch, sau đó nó sẽ đi qua hệ tuần hoàn cho đến khi được gan và thận loại bỏ khỏi cơ thể. Ngoài thuốc tiêm, thuốc nhuộm cũng được dùng qua đường miệng, trực tràng và rất hiếm khi qua đường hô hấp.
