Sự khác biệt chính giữa mã hóa không đối xứng và đối xứng là mã hóa đối xứng sử dụng một khóa bí mật phải được chia sẻ giữa người gửi và người nhận thư, trong khi mã hóa không đối xứng sử dụng khóa cá nhân và khóa công khai để giải mã và mã hóa tin nhắn trong quá trình giao tiếp. Mã hóa bất đối xứng là một kỹ thuật tương đối mới so với mã hóa đối xứng.
Một thiếu sót lớn của mã hóa đối xứng là tính bảo mật hoàn toàn phụ thuộc vào cách người gửi và người nhận bảo vệ khóa mã hóa tốt như thế nào. Nếu khóa bị đe dọa, những kẻ xâm nhập có thể giải mã và giành quyền truy cập vào tất cả các tin nhắn được mã hóa bằng khóa. Mã hóa bất đối xứng an toàn hơn vì nó dựa trên các chứng chỉ kỹ thuật số. Cả khóa riêng tư và khóa công khai đều có liên quan nhưng không thể bắt nguồn từ nhau. Nếu một trong hai chìa khóa bị xâm nhập, kẻ xâm nhập không thể sử dụng nó, hãy tìm chìa khóa còn lại.