Sa mạc Siberia thuộc Vùng Xuyên Baikal của Nga, cách Hồ Baikal khoảng 300 dặm về phía đông. Sa mạc nằm trong lãnh nguyên của Nga, một vùng bằng phẳng, lạnh giá với ít cây cối sự phát triển. Nó nằm giữa dãy núi Kodar và Udokan, gần biên giới chung với Trung Quốc.
Hiệp hội Địa lý Nga lưu ý rằng sa mạc chỉ dài khoảng 7 dặm x rộng 3 dặm. Trung tâm dân cư gần nhất là quận lỵ Chara, cách sa mạc khoảng 4 dặm. Các chuyến du ngoạn của du khách vào sa mạc thường bắt đầu ở Chara. Mặc dù không có đường trải nhựa, bạn có thể đến sa mạc Siberia bằng cách đi bộ, cưỡi ngựa hoặc đi bằng xe địa hình.
