Quá trình tiêu hóa protein bắt đầu, cũng như tất cả quá trình tiêu hóa, với quá trình cơ học là nhai thức ăn và kết thúc bằng việc các tế bào của cơ thể hấp thụ các axit amin cấu thành của protein. Giới thiệu .com mô tả quá trình dài, từ tiêu hóa cơ học đến hóa học và thậm chí liệt kê các enzym cụ thể liên quan đến quá trình tiêu hóa hóa học của protein ở các giai đoạn khác nhau trong suốt quá trình.
Bước đầu tiên trong quá trình tiêu hóa protein được thực hiện bởi răng, răng này sẽ nghiền và cắt nhỏ vật liệu thực phẩm thông qua quá trình tiêu hóa cơ học. Quá trình tiêu hóa hóa học của protein bắt đầu trong chén axit của dạ dày, nơi axit clohydric được tiết ra cùng với một protease gọi là pepsinogen. Tiếp xúc với axit mạnh, pepsinogen phân giải thành enzyme pepsin, mà About.com mô tả là bắt đầu quá trình phân hủy protein thành axit amin.
Dictionary.com mô tả bước tiếp theo trong quy trình khi thức ăn đi vào tá tràng. Tuyến tụy tiết ra các hóa chất bao gồm một enzym phân giải protein gọi là trypsin. Trypsin phân hủy protein thành peptone, sau đó có thể được chuyển đến ruột non.
Khi ở trong ruột non, các cơn co thắt cơ nhịp nhàng, được gọi là nhu động, tiếp tục trộn cơ học của vật liệu thức ăn. Sau đó, tĩnh mạch cửa gan mang máu giàu chất dinh dưỡng đến gan, mà WebMD mô tả là làm sạch và lọc máu. Các chất còn lại sau khi chiết xuất các chất dinh dưỡng sẽ được chuyển đến ruột già để bài tiết.