Vi khuẩn chiếm lĩnh miền sống riêng của chúng. Miền vi khuẩn Eubacteria rất đa dạng và bao gồm không ít hơn 30 phyla riêng biệt, theo lược đồ phân loại LSPN. Do sự háo hức mà vi khuẩn trao đổi gen qua các rào cản của loài thông qua chuyển gen bên, khó có thể xác định chắc chắn các phân loại công ty theo dòng dõi.
Các nhà phân loại học chia cuộc sống thành các tiểu khu vực chính, chủ yếu là miền, vương quốc, họ và giai cấp. Vi khuẩn thuộc miền Eubacteria, là một trong ba lĩnh vực của sự sống trên Trái đất. Theo Wikipedia, tên gọi cũ của vi khuẩn, Prokaryota, chỉ có thể được sử dụng để phân biệt vi khuẩn và động vật cổ từ thực vật, động vật và nấm của Eukaryota và do đó có giá trị hạn chế. Trong Eubacteria, các sinh vật được nhóm thành phyla và các lớp, mặc dù các mức phân loại này được phát triển cho sinh vật nhân chuẩn và không thể tính đến tần suất vi khuẩn trao đổi vật chất di truyền.
Các dòng phát sinh loài truyền thống bắt đầu bị phá vỡ ở các cấp dưới lớp, vì các "loài" vi khuẩn hiếm khi tồn tại trong cách ly di truyền, Wikipedia lưu ý. Do đó, việc phân loại cấp thấp hơn trở thành vấn đề quan trọng, vì quy tắc tương đồng đa số để xác định một loài vi khuẩn, nếu được áp dụng cho động vật có vú, sẽ nhóm người, vượn và khỉ lại với nhau thành một "loài" duy nhất.
