Tất cả các loài khỉ đều thuộc Vương quốc Animalia, Phylum Chordata, Lớp động vật có vú và Linh trưởng thuộc Dòng. Trong Dòng Linh trưởng, có hai họ bao gồm khỉ. Đây là họ khỉ Cebidae, hay khỉ Tân thế giới, và khỉ Cercopithecidae, hay khỉ Cựu thế giới. Có một số chi khỉ trong mỗi họ này và nhiều loài trong mỗi chi.
Việc khỉ được xếp vào loài Cựu thế giới hay Tân thế giới phụ thuộc vào một số đặc điểm. Trong số này có chất lượng của đuôi, cấu trúc của mũi và sự sắp xếp răng. Khỉ Thế giới Mới có xu hướng có đuôi trước hoặc không có đuôi, trong khi khỉ Thế giới Cổ có đuôi, nhưng chúng không bao giờ có đuôi. Khỉ Cựu thế giới có tám, thay vì 12 răng tiền hàm và lỗ mũi của chúng hướng xuống, trong khi khỉ Tân thế giới có lỗ mũi hướng lên trên.
Các loài phổ biến của khỉ Cebidae là khỉ mũ và sư tử vàng tamarin. Khỉ capuchin chia thành một số chi. Chi Sapajus bao gồm capuchin đầu lớn và capuchin đảo Margarita, trong số những loài khác. Chi Cebus bao gồm các loài mũ trắng mặt trước và mặt trắng. Tamarin sư tử vàng là một thành viên của chi Leontopithecus, trong đó có bốn loài sư tử tamarin riêng biệt nhưng giống nhau. Các chi khỉ thường gặp ở Cựu thế giới bao gồm Chlorocebus, bao gồm các loài khỉ Xanh và Macaca, bao gồm nhiều loài khỉ.
