Nhược điểm của ứng dụng máy khách-máy chủ bao gồm thiếu độ tin cậy, các công cụ hoàn thiện và khả năng mở rộng. Các ứng dụng máy chủ hoặc phần mềm chạy trên máy khách cũng có nhược điểm là chi phí và rủi ro cao hơn tắc nghẽn mạng.
Vì các ứng dụng máy chủ tạo yêu cầu đến máy chủ từ xa từ máy khách, nên khi máy chủ gặp sự cố, các hoạt động sẽ dừng lại. Ngoài ra, hệ điều hành mạng như Windows NT Server thiếu khả năng mở rộng. Một nhược điểm khác của các ứng dụng máy khách-máy chủ là chúng phải được cài đặt trên máy tính của mỗi người dùng. Trong một số trường hợp, điều này có thể đơn giản như sử dụng ổ đĩa mạng dùng chung. Tuy nhiên, nó có thể khó khăn như việc dành hàng giờ để cài đặt và định cấu hình phần mềm và thành phần thời gian chạy trên máy tính của mỗi người dùng.
Chi phí liên quan đến ứng dụng máy khách-máy chủ phụ thuộc vào loại. Các ứng dụng máy khách-máy chủ hai tầng chia bản trình bày, xử lý và dữ liệu thành hai đơn vị, trong khi các ứng dụng ba tầng chia giao diện người dùng, chức năng và dữ liệu thành ba đơn vị. Các ứng dụng ba cấp có chi phí thử nghiệm và di chuyển cao hơn khi một thay đổi quy tắc kinh doanh yêu cầu thay đổi các tham số gọi. Chi phí mã hóa, kiểm tra và di chuyển luôn cao hơn trong các hệ thống hai cấp khi so sánh chi phí chuyển đổi từ một công cụ phát triển máy khách độc quyền sang một công cụ khác. Các chi phí khác bao gồm chi phí mạng, phần cứng và thời gian phản hồi.
