Mặc dù ổ đĩa bút có thể là cách dễ dàng để chuyển tệp giữa các máy tính, chúng cũng có thể là vật trung gian lây nhiễm phần mềm độc hại. Bất kỳ máy tính nào được bật tính năng tự động phát đều có thể tự động thực thi các tệp bị nhiễm trên ổ đĩa bút , gây ra nhiễm trùng. Ổ đĩa bút cũng có tuổi thọ tương đối ngắn so với các dạng phương tiện khác, vì mỗi ô của bộ nhớ flash chỉ có thể chấp nhận một số lần ghi lại nhất định.
Ổ đĩa bút cũng có thể bị giới hạn bởi phần cứng PC. Tốc độ mà các tệp có thể được đọc hoặc ghi phụ thuộc vào phiên bản USB được cài đặt trong bất kỳ PC nhất định nào. USB 2.0 có thể truyền khoảng 60 megabyte mỗi giây, điều này có thể khiến việc chuyển các tệp lớn trở thành một công việc tẻ nhạt. Mặt khác, USB 3.0 có thể đạt tốc độ lên đến 640 megabyte mỗi giây. Tuy nhiên, rất ít ổ bút có thể đạt đến giới hạn tốc độ tối đa này, buộc người dùng phải chú ý đến các thông số kỹ thuật để có được ổ bút nhanh nhất có thể.
Ổ đĩa bút cũng dễ bị hỏng phần cứng. Bên trong ổ bút thường chỉ đơn giản là một bảng mạch được hàn vào đầu cắm USB và vì những thiết bị này nhô ra khỏi cạnh bên hoặc mặt trước của máy tính, chúng có xu hướng rất dễ bị va đập hoặc va đập. Điểm nối là điểm yếu nhất và là điểm hỏng hóc, rất dễ làm đứt kết nối USB và khiến ổ đĩa trở nên vô dụng.
