Phần mềm sử dụng mã hóa Java được coi là tệp nhị phân hoặc có thể thực thi chạy trên nền tảng Java. Phần SE là viết tắt của Standard Edition, thường được cài đặt trên máy tính để cung cấp nền tảng Java cho các ứng dụng và trò chơi dựa trên web như "Minecraft".
Các lập trình viên sử dụng Java tạo phần mềm và chương trình bằng ngôn ngữ mã hóa, nhưng nhiều chương trình cũng yêu cầu Java phải được cài đặt trên máy tính của người dùng. Phần mềm Java được cài đặt cung cấp nền tảng để mã được thực thi. Phần mềm phải có các thành phần dự kiến nhất định trên máy tính để hoạt động bình thường. Các vấn đề xuất phát từ mã nhị phân Java thường yêu cầu xóa các phiên bản Java cũ, vì phần mềm được xây dựng để sử dụng nền tảng này có thể yêu cầu các tính năng được tìm thấy trong các phiên bản mới hơn.
