Có một số nhược điểm của chính phủ liên minh, bao gồm một chính phủ yếu hơn và kém quyết đoán hơn, cũng như một chính phủ bối rối hơn. Rất khó để kiểm soát chính trị được thực hiện khi có nhiều đảng tham gia chẳng hạn như trong một liên minh.
Liên minh không cung cấp cho một bên quyền lực để thực hiện ý tưởng của họ, vì vậy kết quả cuối cùng là rất ít ý tưởng, nếu có, được thực hiện vì không thể đạt được thỏa thuận giữa các bên. Ý tưởng đằng sau một chính phủ liên minh là nó phải là sự hợp tác giữa các bên và cả hai bên sẽ được đối xử bình đẳng.
Một vấn đề khác được tìm thấy trong chính phủ liên minh là có nhiều bất ổn trong chính phủ. Điều quan trọng là các chính phủ liên minh phải thiết lập các thủ tục có thể giải quyết xung đột và giảm thiểu tranh chấp để mối quan hệ đối tác liên minh tồn tại.
Các chính phủ liên minh thường được nhìn thấy nhiều nhất ở Châu Âu và xuất hiện trên khắp Vương quốc Anh. Khi các chính phủ liên minh làm việc hết sức mình, họ liên kết với nhau để tạo thành một mặt trận thống nhất trong khi vẫn giữ được niềm tin cá nhân đặc biệt của mình. Đây là những gì thường có thể được coi là một lợi thế và một bất lợi. Từ quan điểm bất lợi, rất khó để đạt được sự thống nhất thực sự giữa các bên khác nhau, dẫn đến việc chính phủ có ít hành động.
