Một số thảm thực vật tự nhiên ở Peru bao gồm cây một lá mầm, cây hai lá mầm, cây đệm như Oxychloe andina, các cây như Buddleja coriacea và đồng cỏ như Blechnum loxense. Khoảng 40% diện tích đất ở Peru là được bao phủ bởi dãy núi Andes. Phần còn lại của đất nước có các khu rừng và rừng rậm của vùng sông Amazon.
Người ta ước tính có 21.462 loài sống trong nước, với 5.855 loài đặc hữu của Peru. Một vùng sinh thái chính ở Peru là vùng Puna ẩm ướt miền Trung Andean, được tìm thấy trên dãy núi Andean của Peru và Bolivia. Người ta ước tính có khoảng 1.000 đến 1.500 thực vật có mạch được tìm thấy ở vùng này của Peru. Cây một lá mầm chiếm khoảng 40% thảm thực vật. Cây Puya raimondii khổng lồ mọc gần Huarez và được coi là một trong những loài thực vật nổi tiếng nhất của Peru.
Tại vùng đất ngập nước cao Andean, các nhà khoa học đã phát hiện ra loài thực vật Senecio sanmarcosensis, chưa từng được biết đến trước năm 2009. Xương rồng mọc dọc theo bờ biển Peru và ở Cao nguyên. Các thảm thực vật khác được tìm thấy ở Peru bao gồm phong lan, rêu, cây cọ, cây tán và cỏ ichu.
