Các con sông là nguồn nước chính được tìm thấy trong các khu rừng mưa nhiệt đới. Nhiều khu rừng nhiệt đới có một con sông lớn nuôi toàn bộ hệ sinh thái và nhiều con sông nhỏ hơn chảy vào vùng nước chính, chẳng hạn như sông Amazon và nhiều phụ lưu của nó.
Con sông trong rừng nhiệt đới nổi tiếng nhất là Amazon, cũng là con sông lớn nhất trên thế giới về lượng nước với lưu lượng 7.381.000 feet khối mỗi giây. Sông Amazon rộng từ 1 đến 6 dặm vào mùa khô của rừng nhiệt đới, nhưng có thể rộng tới 30 dặm vào mùa mưa. Đây cũng là con sông dài thứ hai trên thế giới và là lưu vực thoát nước lớn nhất.