Các đặc điểm vật lý đặc biệt nhất của Trung Đông là sa mạc rộng lớn, nhưng khu vực này cũng là nơi có các dãy núi, cao nguyên và thậm chí một số thung lũng sông màu mỡ. Khu vực này là nơi có điểm thấp nhất trên Trái đất, Biển Chết, nằm dưới mực nước biển hơn 1.400 feet. Các dãy núi ở phần phía đông của khu vực hướng lên các đỉnh cao của dãy Himalaya, với các đỉnh có độ cao trên 15.000 feet.
Với phần lớn diện tích của khu vực là đồng bằng sa mạc khô nóng, các con sông ở Trung Đông là nguồn cung cấp nước quan trọng cho các nền văn minh. Sông Nile từng là mạch máu của người Ai Cập cổ đại, và chu kỳ lũ lụt và rút đi thường xuyên của nó đã dẫn đến sự phát triển của các dự án xây dựng dân dụng khổng lồ, chẳng hạn như các kim tự tháp. Tigris và Euphrates đã nuôi dưỡng nền văn minh Lưỡng Hà và vẫn là những con sông quan trọng đối với người dân Iraq ngày nay.
Các cao nguyên và dãy núi cũng là những đặc điểm quan trọng của vùng. Vùng đất trồi lên của Levant, ở biên giới phía đông của Địa Trung Hải, đã giúp rút nước khỏi những cơn gió biển ẩm để tạo ra một vùng đất xanh tươi và màu mỡ thích hợp cho việc định cư. Dãy núi Taurus ở Thổ Nhĩ Kỳ ngăn cách khu vực này với châu Á, cô lập các nền văn minh hình thành ở khu vực này.
