Cá sấu cái sinh sản thông qua thụ tinh bên trong, giao phối vào ban đêm và cuối cùng đẻ 35 đến 50 trứng trong một cái hố nhỏ, sau đó được bao phủ bởi một ổ cây cối mục nát. Số lượng con cái nở ra nhiều gấp 5 lần như những con đực sau khi ấp 65 ngày, với giới tính của con cái được xác định bởi nhiệt độ hơn là sự khác biệt về gen. Chim mẹ bảo vệ trứng và đào chúng lên khi chúng bắt đầu nở.
Bất chấp sự bảo vệ ban đầu của cha mẹ, cá sấu chúa không cung cấp thức ăn cho con của chúng và nhanh chóng bỏ rơi chúng sau khi nở, và khoảng 80 phần trăm bị mất vào tay kẻ săn mồi rất sớm trong cuộc đời của chúng. Chúng bù đắp điều này bằng cách đẻ một số lượng lớn trứng tương đối nhỏ, vì vậy một số con vẫn sống sót mặc dù bị thiệt hại nhiều.
Con cái sinh ra lớn hơn con đực, mặc dù con đực cuối cùng cũng lớn hơn. Có nhiều cá sấu cái hơn cá sấu đực và mỗi con đực ưu thế giao phối với 10 con cái khác nhau trong lãnh thổ của mình. Anh ta thu hút phụ nữ bằng tiếng gầm và tiếng ầm ầm, nhiều tiếng trong số đó nằm dưới tầm nghe của con người và tạo ra những xáo trộn rõ ràng trong nước.
Về nhiều mặt, cá sấu giống với các loài cá sấu có họ hàng gần. Điểm khác biệt chính là cá sấu có mõm rộng hơn và chỉ có răng trên cùng lộ ra khi chúng ngậm miệng.
