Bọt biển chủ yếu sử dụng hóa chất để bảo vệ bản thân và hóa chất độc hại hoặc có mùi vị khó chịu. Điều này không chỉ ngăn chặn động vật ăn thịt mà còn cả sự cạnh tranh, vì hóa chất chúng thải ra ngăn cản các sinh vật khác phát triển gần chúng . Các loài riêng lẻ có các chiến lược khác, chẳng hạn như đào sâu vào san hô, đá hoặc động vật thân mềm để được bảo vệ.
Một chiến lược khác mà nhiều loài san hô sử dụng để ngăn những kẻ săn mồi như sao biển tránh xa là làm rơi những mảnh nhỏ của bộ xương của chúng, được gọi là spicules, xuống đáy biển. Những thứ này có thể tích tụ thành một lớp dày, ngăn cản những kẻ săn mồi phải bò để tiếp cận chúng. Không phải tất cả bọt biển đều có cơ chế bảo vệ trực tiếp. Bọt biển thủy tinh không tạo ra bất kỳ chất độc nào, nhưng chúng sống ở đại dương rất sâu, nơi rất hiếm kẻ săn mồi.
Bất chấp khả năng phòng thủ của chúng, bọt biển chỉ có thể chuyển động nhẹ, khi chúng hoàn toàn có thể di chuyển. Chúng dễ bị tổn thương bởi bất kỳ sinh vật nào có thể vượt qua sự phòng thủ của chúng và là con mồi của nhiều loài rùa, cá và động vật không xương sống. Tuy nhiên, bọt biển có thể được hưởng lợi một phần từ việc săn mồi, vì những mảnh bọt biển do động vật ăn thịt để lại thường có thể tồn tại và tự tái lập thành những sinh vật độc lập. Tổ chức cấp độ tế bào cực kỳ đơn giản của chúng có nghĩa là chúng thường có thể sống sót ngay cả khi bị tổn thương nghiêm trọng do động vật ăn thịt hoặc tác động của môi trường.
