Hội chứng Down có thể ảnh hưởng đến hệ thống thần kinh của cơ thể bằng cách làm cho các dây thần kinh hoạt động chậm lại hoặc hoạt động sai ở những thời điểm khác nhau; nó cũng có thể gây ra co giật. Mặc dù nó có thể gây bất lợi cho hệ thần kinh, nhưng nó thường bất lợi hơn cho các hệ thống phát triển của cơ thể và các hệ thống khác hoạt động để làm cho cơ thể hoạt động bình thường.
Hội chứng Down có nhiều ảnh hưởng khác nhau đối với cơ thể. Nó có khả năng ảnh hưởng đến gần như mọi nhóm cơ quan của cơ thể, nhưng nó có thể ảnh hưởng đến các khu vực khác nhau tùy thuộc vào từng bệnh nhân cụ thể và tình huống cụ thể mà bệnh nhân có liên quan. Phổ biến nhất là có thể ảnh hưởng đến thính giác, thị lực, hệ tuần hoàn và hệ thống xương.
Bệnh nhân mắc hội chứng Down dễ bị bệnh tim hơn và có thể có nguy cơ mắc bệnh Alzheimer sớm hơn. Họ cũng dễ bị các vấn đề về thính giác hơn và có thể bị các vấn đề về khớp, chẳng hạn như viêm khớp, khi còn rất sớm. Hầu hết những người mắc hội chứng Down đều khỏe mạnh và có thể học cách hoạt động trong xã hội, nhưng họ thường gặp khó khăn hơn vì những hạn chế khác nhau mà căn bệnh này gây ra trên cơ thể họ. Bệnh nhân mắc hội chứng Down thường mất nhiều thời gian hơn để làm các công việc, bao gồm cả các công việc về kỹ năng vận động, so với những bệnh nhân không mắc bệnh.