Francisco Pizarro đã khám phá và chinh phục Đế chế Inca, nơi sau này trở thành đất nước Peru. Khi ông thành lập khu định cư đầu tiên từ Tây Ban Nha ở Peru, San Miguel de Piura, thủ lĩnh Atahualpa của người Inca đã không chấp nhận sự hiện diện của người Tây Ban Nha. Kết quả là Trận chiến Cajamarca nổ ra, và Pizarro cuối cùng bị bắt, và cuối cùng là xử tử Atahualpa. Với sự hiện diện của khoảng trống lãnh đạo này, thật đơn giản để Pizarro chiếm Cuzco, thủ đô của người Inca và lấy toàn bộ Peru cho Tây Ban Nha.
Cuộc chinh phục Peru của Pizarro và cuộc chinh phục Mexico của Cortes diễn ra gần như cùng một lúc. Thành tích của Pizarro được coi là đáng kể hơn vì ông mang theo ít người chiến đấu hơn, sử dụng các đội quân lớn hơn và ở xa các tiền đồn tiếp tế của Tây Ban Nha, nơi đã cung cấp các nguồn cung cấp, vũ khí và người có giá trị cho nỗ lực chiến đấu. Pizarro bị ám sát bởi con trai của người bạn cũ của mình, Diego Almagro, người mà Pizarro đã hành quyết sau một loạt các cuộc cãi vã và trận Las Salinas đẫm máu. Sau khi ông qua đời, gia đình ông đã dựng một cung điện để vinh danh ông trên Plaza Major ở Truillo. Thậm chí ngày nay, ông vẫn là chủ đề gây tranh cãi ở Peru vì nhiều người coi ông là nguyên nhân dẫn đến sự hủy diệt phần lớn ngôn ngữ, văn hóa và tôn giáo bản địa ở đất nước này.