Hệ thống bài tiết của giun khác biệt vì nó có các cơ quan bài tiết ở hầu hết các bộ phận của cơ thể. Hệ thống này được tạo thành từ các ống cuộn được gọi là nephridia mở vào khoang cơ thể.
Mỗi đoạn đi vào một ống chính được gọi là nephridiostome, ống này sau đó mang chất thải ra bên ngoài cơ thể khi tất cả các chất dinh dưỡng hữu ích được loại bỏ khỏi chất lỏng và đi dọc cơ thể đến phần cuối. Hệ bài tiết làm nhiệm vụ kép là loại bỏ chất thải và hoạt động như một quả thận. Các kênh tạo nên một phần khác của hệ thống bài tiết một loại dung dịch muối để duy trì sự cân bằng muối trong cơ thể giun.
