Địa lý của đế chế Inca phần lớn là núi và chiếm phần lớn bờ biển phía tây của Nam Mỹ. Một phần lớn đế chế Inca tồn tại trong vùng khí hậu được gọi là tierra fria.
Vào thời kỳ đỉnh cao, đế chế Inca đã chiếm đóng gần 2.500 dặm dọc theo bờ biển phía tây miền núi của Nam Mỹ, kéo dài từ Quito, Ecuador ngày nay về phía nam đến Santiago, Chile. Đặc điểm địa lý chính của khu vực này là dãy núi Andes, một khu vực rất đa dạng về địa lý. Khu vực Andean của Nam Mỹ trải dài một phạm vi địa lý từ sa mạc, rừng mưa đến sông băng. Từ những ngọn núi, phía tây đến bờ biển, là một vùng sa mạc. Các ốc đảo giúp cuộc sống có thể tồn tại trong khu vực khô cằn này, nhưng đế chế Inca bao gồm một trong những sa mạc tàn bạo nhất Trái đất - Atacama - những nơi chưa từng trải qua lượng mưa trong lịch sử nhân loại.
Các vùng đất thấp của dãy Andes có rừng mưa nhiệt đới và savan, trong khi các vùng cao hơn trở thành rừng mây. Rừng mây có khí hậu mát và ẩm, có mây bao phủ phổ biến gần 300 ngày trong năm. Khí hậu ở đây hỗ trợ thảm thực vật và động vật hoang dã không nơi nào có trên Trái đất.
Một đặc điểm quan trọng của đế chế Inca là Hồ Titicaca, nằm giữa các quốc gia ngày nay là Peru và Bolivia. Hồ Titicaca nằm trong vùng khí hậu được gọi là tierra fria. Địa lý và khí hậu độc đáo của hồ cung cấp một số đất nông nghiệp tốt nhất trong khu vực.
