Chim cánh cụt đực và chim cái sinh sản, sau đó chim cánh cụt cái đẻ trứng. Hầu hết các loài chim cánh cụt thường chọn một người bạn đời.
Chim cánh cụt chưa đến tuổi sinh sản cho đến khi chúng ở độ tuổi từ 3 đến 8 tuổi. Mùa giao phối của chúng kéo dài qua mùa xuân và mùa hè. Con đực sẽ tạo ra một địa điểm làm tổ và bắt đầu tìm kiếm bạn tình. Chim cánh cụt cái chọn người bạn đời mà nó thích hơn. Cả hai con chim cánh cụt thay phiên nhau giữ ấm trứng hoặc trứng cho đến khi chúng nở. Chim cánh cụt Hoàng đế đực có nhiệm vụ giữ ấm cho quả trứng ở loài đó. Trứng có thể mất từ 30 đến 66 ngày để nở.