Chim cánh cụt sinh sản như hầu hết các loài chim khác, với quá trình thụ tinh bên trong được thực hiện bằng cách ghép các bộ phận của mỗi con chim cánh cụt lại với nhau. Con đực phun tinh trùng vào bộ phận của con cái để sau đó nó có thể đi vào bên trong và thụ tinh với trứng.
Trứng phải được giữ ấm và bảo vệ để nở. Con đực thường canh chừng quả trứng và ngồi trên đó trong phần lớn thời gian cho đến khi nó nở, trong khi con cái đi tìm thức ăn.
Các loại chim cánh cụt khác nhau có mùa sinh sản khác nhau. Hầu hết chim cánh cụt sinh sản vào mùa xuân và mùa hè ở Nam Cực, nhưng một số loài, chẳng hạn như chim cánh cụt hoàng đế, sinh sản từ tháng 6 đến tháng 8, đó là mùa đông ở Nam Cực.
