Một số dãy núi chính ở Ai Cập là Vùng núi cao Sinai, Tam giác Halayeb và dãy núi Sa mạc phía Đông. Vùng Núi cao là một phần của Bán đảo Sinai ở miền nam Ai Cập, còn Halayeb Triangle nằm ở bờ biển Châu Phi của Biển Đỏ và là một dãy núi, tính đến năm 2014, là tranh chấp giữa Sudan và Ai Cập. Dãy núi Sa mạc phía Đông nằm trong sa mạc Sahara.
Gebel Katherina, hay Núi Catherine, nằm ở Vùng Núi cao Sinai và là ngọn núi cao nhất trong cả nước với độ cao đỉnh là 8.625 feet. Bên cạnh đó là ngọn núi Sinai nổi tiếng, thực chất là một tập hợp các đỉnh núi. Cuối phía nam của ngọn núi, được gọi là Gebel Musa, có ý nghĩa tôn giáo phong phú và được coi là một địa điểm trong Kinh thánh.
Ngọn núi cao nhất trong Tam giác Halayeb là Gebel Elba ở độ cao 4.708 feet. Ai Cập, quốc gia đã tuyên bố đây là khu bảo tồn thiên nhiên, vào năm 2014 kiểm soát khu vực này, mặc dù Sudan cũng tuyên bố chủ quyền đối với khu vực này. Nằm cách Biển Đỏ chỉ vài dặm, núi Elba nhận được lượng mưa nhiều hơn bất kỳ ngọn núi ven biển nào khác trong khu vực và có nhiều loài thực vật nhất ở Ai Cập. Núi Shaiyb al-Banat là đỉnh núi cao nhất ở lục địa Ai Cập bên ngoài Vùng núi cao Sinai. Bản thân ngọn núi có một nhóm bốn đỉnh, với Gebel Shayeb El-Banat là đỉnh cao nhất ở độ cao 7.175 feet.