Phần lớn diện tích đất liền của Ai Cập là một sa mạc bằng phẳng và kỳ ảo chỉ hỗ trợ thực vật tối thiểu. Ở góc phía đông phía trên của quốc gia Bắc Phi, bán đảo Sinai miền núi giáp với Israel và nằm tách biệt với phần còn lại của vùng đất châu Phi cạnh Kênh đào Suez. Ai Cập là một quốc gia xuyên lục địa, trong đó eo đất Suez đóng vai trò là cầu nối trên bộ giữa lục địa Châu Phi và Châu Á.
Một trong những đặc điểm nổi bật của Ai Cập là sông Nile và vùng đồng bằng của nó. Nếu không được hưởng lợi từ nước sông Nile, Ai Cập có thể đã trở nên trống rỗng như các khu vực khác của Bắc Phi được bao phủ bởi sa mạc Sahara. Hai bên sông Nile có các vùng ngập lụt mở rộng khi sông chảy về phía bắc đến Biển Địa Trung Hải, cuối cùng chảy ra để tạo thành đồng bằng sông Nile ở phía bắc Cairo, thủ đô của quốc gia. Do điều kiện khô cằn của phần còn lại của đất nước, các trung tâm dân cư nằm quanh Thung lũng sông Nile và Đồng bằng sông Nile hẹp, với 99% dân số chỉ sử dụng khoảng 5,5% lãnh thổ của đất nước.
Giza Necropolis là đặc điểm vật lý nhân tạo mang tính biểu tượng nhất của Ai Cập, với các kim tự tháp và tượng Nhân sư lớn đại diện cho một điểm thu hút khách du lịch khổng lồ. Một đặc điểm vật lý nhân tạo gần đây hơn nhiều là Kênh đào Suez, được coi là thành phần quan trọng nhất của giao thông hàng hải Trung Đông. Khai trương để vận chuyển vào năm 1869 sau 10 năm xây dựng, đường thủy nhân tạo của Ai Cập đi qua eo đất Suez nối Địa Trung Hải với Biển Đỏ. Kênh đào Suez cho phép tàu thuyền vận chuyển giữa châu Âu và châu Á diễn ra mà không cần phải đi vòng quanh châu Phi.
