Đặc điểm tự nhiên của Đông Nam Á bao gồm các dãy núi, đồng bằng, bán đảo, đường thẳng và hải đảo. Việt Nam và Indonesia nổi tiếng với các dãy núi. Ngọn núi cao nhất Đông Nam Á là Hkakabo Razi ở Myanmar, cao hơn 19.000 feet. Các đặc điểm đáng chú ý khác bao gồm lưu vực sông Tonle Sap và vùng trũng sông Mekong ở Campuchia. Các đảo và núi lửa ở Quần đảo Malaysia cũng là một phần của Đông Nam Á.
Bán đảo Mã Lai là một phần của Đông Nam Á và bao gồm các quốc gia Thái Lan, Singapore và một phần của Malaysia và Myanmar. Bán đảo này bị chia cắt bởi một dãy núi trung tâm bao gồm núi Tahan. Các con sông chảy về phía Đông và Tây của Bán đảo. Sông Pahang rất đáng chú ý vì nó là con sông dài nhất ở Bán đảo Mã Lai, có tổng chiều dài 271 dặm.
Nhiều quốc gia ở Đông Nam Á giáp biển nên khu vực này có một số đoạn thẳng, vịnh và đồng bằng. Chúng bao gồm Đường thẳng Malacca, Đường thẳng Singapore và Vịnh Thái Lan. Đông Nam Á cũng bao gồm hơn 25.000 hòn đảo nằm trong Quần đảo Malaysia. Quần đảo bao gồm một số chuỗi đảo nhỏ hơn. Các quần đảo nhỏ hơn này bao gồm Indonesia, quần đảo Philippines, quần đảo Maluku và New Guinea và các đảo xung quanh.
