Có một số loài cá nước ngọt phát sáng tự nhiên. Một ví dụ là loài lươn xanh nước ngọt của Nhật Bản, có chứa một loại protein huỳnh quang trong cơ thể khiến nó có màu xanh lục phát sáng.
Cá nước ngọt phát sáng được mua trong cửa hàng vật nuôi được biến đổi gen để phát sáng và nhiều loài cá có sẵn được bổ sung phát quang sinh học. Phát quang sinh học là ánh sáng tự nhiên được tạo ra bởi các phản ứng hóa học xảy ra trong cơ thể sinh vật và nó là nguồn sáng chính trong vùng nước tối. Phát quang sinh học không có lợi cho cá ở nước ngọt vì điều kiện nước thường xuyên âm u. Môi trường sống nước ngọt không cổ xưa như môi trường sống nước mặn và sự phát quang chưa phát triển như một phần cần thiết của sinh học. Tuy nhiên, có nhiều sinh vật sử dụng phát quang sinh học trong đại dương bao gồm vi khuẩn, tảo đơn bào, mực và cá. Trong tự nhiên, phát quang sinh học bảo vệ động vật khỏi những kẻ săn mồi và giúp chúng định vị con mồi và thu hút bạn tình. Nó cũng soi đường trong bóng tối sâu thẳm của đại dương.
Một sinh vật nước ngọt khác có thể phát sáng trong bóng tối là latia neritoides, một loài ốc nhỏ giống như bộ phận sinh dục chỉ được tìm thấy ở các dòng suối ở New Zealand. Các nhà khoa học đã nghiên cứu loài vật này từ năm 1968, nhưng hệ thống độc đáo của nó để tạo ra phát quang sinh học vẫn chưa rõ ràng.
