Cách bố trí của Ga Penn bao gồm ba cấp: cấp đường phố, cấp trên và cấp dưới. Cách bố trí cũng có các đường ray và sân ga xe lửa, khu vực để hành lý, cửa hàng và nhà hàng. Cấp phố có các lối vào chính đến Ga Penn, bao gồm lối vào Đường sắt Đảo Long Island số 34 gần Đại lộ 7, các lối vào LIRR của Đại lộ 7 và Chuyển tuyến New Jersey tại các Đường 31 và 32, và các lối vào Đại lộ 8 Amtrak tại các Đường 31 và 33 .
Tầng trên của Ga Penn là vị trí của dịch vụ xe lửa Amtrak và New Jersey Transit. Phía Đại lộ số 8 của tòa nhà có các sân ga Amtrak, trong khi phía Đại lộ số 7 của tòa nhà có nhà ga NJ Transit. Cấp độ thấp hơn là vị trí của các nền tảng LIRR và có một số phòng chờ: Phòng chờ phía Tây, Phòng chờ lối ra, Phòng chờ trung tâm, Hành lang Hilton và Phòng chờ kết nối. Từ đây, có thể kết nối với các tuyến Tàu điện ngầm Thành phố New York A, C và E, và 1, 2 và 3.
Thang máy cung cấp khả năng tiếp cận nhà ga và đường phố đến cơ sở Ga Penn tại lối vào chính của Đường 34 và Đại lộ 7. Penn Station là nơi tập trung nhiều nhà cung cấp đồ ăn và thức uống cũng như các nhà cung cấp dịch vụ và mua sắm.
