John Hagee ly dị người vợ đầu tiên của mình, Martha Downing, vào năm 1975. John và Martha kết hôn vào năm 1960, và cặp đôi có hai người con, Christopher và Tish.
John Hagee là người sáng lập và là mục sư cấp cao của Nhà thờ Trinity. Tin tức về cuộc ly hôn sắp xảy ra của anh ấy đã làm cho giáo đoàn của anh ấy ngạc nhiên. Martha giành được quyền nuôi hai con của họ trong vụ ly hôn Năm 1975, sau khi ly hôn, Hagee thành lập một nhà thờ mới, The Cornerstone Church. Sau khi thành lập nhà thờ mới, Hagee kết hôn với Diana Castro và họ có với nhau 3 người con: Christina, Mathew và Sandy. Hagee tiếp tục có 13 đứa cháu.
Một số người cho rằng Hagee có quan hệ ngoài hôn nhân với Diana Castro, người từng là thành viên của giáo đoàn trước đây của anh ta. Hagee bị cáo buộc đã viết một lá thư cho nhà thờ thừa nhận hành vi vô đạo đức của mình.
