Các vùng nước ở Trung Đông bao gồm sông Amu Darya, sông Euphrates, sông Indus, sông Tigris, Vịnh Ba Tư và sông Nile. Hồ lớn nhất ở Trung Đông là Hồ Urmia ở tây bắc Iran, có diện tích bề mặt 2.000 dặm vuông và độ sâu tối đa là 52 feet.
Các vùng nước có biên giới với các quốc gia ở Trung Đông bao gồm Ấn Độ Dương, Địa Trung Hải, Biển Đỏ, Biển Đen, Vịnh Aden, Biển Ả Rập, Vịnh Ba Tư và Biển Caspi.
Kênh đào Suez, một khối nước nhân tạo ở Ai Cập nối Biển Địa Trung Hải và Biển Đỏ, đã mở cửa cho các tàu thương mại vào năm 1869. Nó dài 100,82 dặm, với hai kênh đào dài 14 dặm và 5,6 dặm. .
Sông Nile dài 4.258 dặm chảy qua Ai Cập là con sông dài nhất thế giới. Miệng của nó nằm ở bờ biển của Ai Cập với Biển Địa Trung Hải.
Sông Euphrates chảy qua Thổ Nhĩ Kỳ, Syria và Iraq, kết thúc tuyến đường của nó ở Vịnh Ba Tư. Thành phố Babylon cổ đại được tìm thấy bên bờ sông.
Sông Indus và sông Tigris hợp nhất để trở thành sông Shatt al Arab, cũng chảy ra Vịnh Ba Tư. Sông Tigris có chiều dài 1.180 dặm.