Hiệp hội Vi sinh vật học Hoa Kỳ vẫn chưa tìm thấy vi khuẩn khảo cổ gây bệnh hoặc có hại cho cơ thể con người. Mặc dù những vi sinh vật này có nhiều đặc điểm của các vi khuẩn gây bệnh khác, nhưng kiến thức về chúng là có giới hạn.
Methanogens là một dòng khảo cổ đã được tìm thấy trong cơ thể con người. Có những câu hỏi đặt ra là liệu chúng có hại hay có lợi. Khó khăn trong việc phân lập và nuôi cấy những vi khuẩn này là một phần nguyên nhân khiến người ta có thể chứng minh rất ít về chúng. Được biết, chúng sẽ chỉ tồn tại và phát triển trong môi trường yếm khí. Chúng là một trong những dạng sống phong phú nhất trên hành tinh.
