Thuốc kháng sinh chữa nhiễm trùng răng bằng cách nhắm mục tiêu và tiêu diệt các vi khuẩn cụ thể đã gây ra nhiễm trùng. Thông thường, chúng được sử dụng kết hợp với điều trị vật lý, chẳng hạn như điều trị tủy răng hoặc dẫn lưu mủ, để ngăn chặn nhiễm trùng và phục hồi sức khỏe cho răng.
Clindamycin và thuốc kháng sinh dựa trên penicilin được sử dụng phổ biến nhất để điều trị nhiễm trùng miệng, bao gồm cả amoxicillin. Penicillin và amoxicillin đều là kháng sinh beta lactam, tiêu diệt một số loại vi khuẩn bằng cách tấn công thành tế bào của vi khuẩn và không cho chúng tổng hợp các thành phần để tạo thành tế bào mới. Nếu không có thành tế bào của chúng, các loài vi khuẩn này nhanh chóng chết. Clindamycin cản trở khả năng tạo ra protein mới của một số loài vi khuẩn, và điều này khiến chúng không phát triển. Khi đó, hệ thống miễn dịch của con người sẽ nhanh chóng tiêu diệt những vi khuẩn còn lại.
Thuốc kháng sinh cùng với một phương pháp điều trị khác, chẳng hạn như điều trị tủy răng, rất hiệu quả trong việc loại bỏ nhiễm trùng nướu và xương hàm. Tuy nhiên, nếu dùng thuốc kháng sinh không đúng cách, nhiễm trùng có thể quay trở lại. Nếu thuốc kháng sinh không hiệu quả, thì có nguy cơ vi khuẩn gây nhiễm trùng răng có thể kháng lại loại thuốc kháng sinh đó trong tương lai. Nếu vi khuẩn trở nên kháng thuốc kháng sinh, thì lần nhiễm trùng sau sẽ khó điều trị hơn nhiều.