Nhật Bản có các thảm thực vật như đầm lầy ngập mặn, rừng cận nhiệt đới, cỏ rừng, rừng phía bắc, cây hoa, thực vật núi cao và thực vật rừng. Các khu rừng cận nhiệt đới được tìm thấy ở phía nam, và các khu rừng chứa linh sam, thông và vân sam nằm ở phía bắc.
Nhật Bản có 7.000 loài thực vật bản địa ở dạng dương xỉ và cây lấy hạt. Những khu rừng cực bắc của Nhật Bản có thể được tìm thấy ở Hokkaido. Thực vật trên núi cao mọc ở các vùng cao hơn của Shikoku và Honshu.
Một dạng thảm thực vật đáng chú ý của Nhật Bản là cây anh đào, và những bông hoa là biểu tượng quốc gia của Nhật Bản. Nhật Bản có rất nhiều loại hoa anh đào, nhưng giống Somei Yoshino là phổ biến nhất, bao gồm những cánh hoa màu trắng pha chút hồng. Yaezakura nở những bông hoa lớn với những cánh hoa hồng rực rỡ, và anh đào khóc cũng mang những bông hoa màu hồng.
Viburnum furcatum là một loại cây thân gỗ phát triển tốt trong đất ẩm và không có vôi, và chúng có thể thích nghi trong điều kiện thời tiết mát mẻ hơn. Những cây bụi này mọc ở những nơi ẩm ướt, và hoa xuất hiện vào tháng Năm. Các loài côn trùng cần thụ phấn cho từng bông hoa để các hạt giống xuất hiện vào tháng 10.
Hakonechloa macra là một loại cỏ rừng thường được tìm thấy ở vùng núi. Loại cây này thích những nơi râm mát, và nó thích mọc trên những địa hình đất đá, ẩm ướt. Lá có tác dụng che phủ, cỏ chứa các chồi nhỏ, tương tự như tre.
