Cung thánh được coi là phòng linh thiêng nhất trong nhà thờ, trong khi áo quan là phòng dùng để cất giữ đồ đạc. Một số nhà thờ có hầm hoặc hầm mộ nơi chôn cất người chết.
Các phòng trong nhà thờ thường khác nhau tùy thuộc vào kích thước của tòa nhà. Các nhà thờ lớn có gác xép là nơi cất giữ đàn organ, trong khi những nhà thờ khác có phòng tế, nơi cất giữ các vật thiêng và thánh. Chancel là khu vực của một nhà thờ, nơi linh mục ngồi trong một buổi lễ, và các đền thờ của người Do Thái đôi khi có một căn phòng được gọi là thánh đường, đây là khu vực linh thiêng nhất trong đền thờ.
