Hà mã đang bị đe dọa chủ yếu vì những kẻ săn trộm săn chúng để lấy thịt và ngà trên răng của chúng. Các mối đe dọa khác là mất môi trường sống do sự xâm lấn của các khu định cư của con người và sự chuyển hướng của nước sông cho nông nghiệp.
Thịt hà mã được bán ở chợ đen như một món ngon. Hoạt động buôn bán ngà voi của hà mã đã tăng mạnh sau lệnh cấm quốc tế buôn bán ngà voi vào năm 1989. Mặc dù phần lớn quần thể hà mã sống trong các khu bảo tồn như vườn quốc gia, khu bảo tồn, khu bảo tồn trò chơi và khu bảo tồn, những kẻ săn trộm vẫn săn hà mã ở những khu vực có dân thường. tình trạng bất ổn hoặc việc thực thi pháp luật là tối thiểu. Ví dụ, vào những năm 1970, Hiệp hội Động vật học Frankfurt ước tính dân số hà mã trong Vườn quốc gia Virunga ở Cộng hòa Dân chủ Congo là khoảng 30.000 con. Trong Chiến tranh Congo lần thứ hai, kéo dài từ 1998 đến 2003, binh lính Congo, phiến quân Mai-Mai và các nhóm dân quân khác đã tàn sát hà mã một cách bừa bãi, đến năm 2006 chỉ còn khoảng 600 con trong công viên.
Sự gia tăng định cư và phát triển của con người gần các khu vực nước ngọt có hà mã sinh sống dẫn đến các cuộc đụng độ giữa hà mã và con người, vì bản chất hà mã là loài động vật cực kỳ hung dữ. Con người sau đó trả đũa bằng cách tiêu diệt quần thể hà mã. Khi mực nước sông và đất ngập nước giảm xuống do việc tưới tiêu cho đất nông nghiệp, điều này sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường sống của hà mã. Vấn đề càng trở nên trầm trọng hơn trong thời gian hạn hán.
