Mặc dù kể từ năm 2014, cá voi lưng gù không còn được Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế liệt kê là Nguy cấp, nhưng các mối đe dọa chính đối với quần thể của chúng bao gồm vướng ngư cụ, va chạm tàu, ảnh hưởng đến môi trường sống của chúng do ô nhiễm và sự quấy rối của những người theo dõi cá voi. Các mối đe dọa trong tương lai bao gồm đề xuất nối lại hoạt động săn bắt cá voi thương mại và phát triển các cơ sở khai thác dầu khí ở ngoài khơi.
Việc săn bắt cá voi lưng gù vì mục đích thương mại trên diện rộng, bắt đầu từ thế kỷ 18 và kéo dài sang thế kỷ 20, khiến quần thể cá voi lưng gù trên toàn cầu bị suy giảm nghiêm trọng, đặc biệt là sau sự ra đời của đàn lao công vào cuối thế kỷ 19. Chỉ trong thế kỷ 20, những kẻ săn cá voi đã giết chết hơn 200.000 con cá voi lưng gù, cho đến khi dân số giảm xuống còn khoảng 700 con cá voi. Ủy ban săn bắt cá voi quốc tế được thành lập vào năm 1946 để bảo vệ các quần thể cá voi trên toàn thế giới, và vào năm 1966, Ủy ban này đã cấm săn bắt cá voi lưng gù. Năm 1986, cá voi lưng gù được IUCN tuyên bố là Nguy cấp. Năm 1990, tình trạng của họ được đổi thành Sẽ nguy cấp. Vì khả năng phục hồi của chúng trong việc tái lập với dân số ít nhất 80.000 trên toàn thế giới, IUCN đã phân loại lại cá voi lưng gù vào danh mục Mối quan tâm ít nhất kể từ năm 2008.
Kể từ năm 2014, việc săn bắt cá voi lưng gù vì mục đích thương mại vẫn bị cấm, ngoại trừ các nhóm bản địa nhỏ ở các khu vực như Greenland, St. Vincent và Grenadines. Những cái chết của cá voi lưng gù do vướng vào ngư cụ được ngư dân Hoa Kỳ và Nhật Bản báo cáo hàng năm. Các cuộc đình công trên tàu, mặc dù ít thường xuyên hơn, xảy ra. Các nhà bảo tồn lo ngại về sự phát triển dầu khí ngoài khơi ảnh hưởng đến quần thể cá voi ở những nơi như Brazil, Angola, Mozambique, Madagascar và Gabon.
