Cá sấu nước mặn đang có nguy cơ tuyệt chủng do mất môi trường sống và các hoạt động của con người, chẳng hạn như săn bắt trộm bất hợp pháp. Cá sấu nước mặn có ít động vật ăn thịt tự nhiên, nhưng thu hút sự chú ý của con người về thịt, trứng và da của chúng. Cạnh tranh về không gian với các cộng đồng người và xu hướng tấn công người dân trong lãnh thổ của họ cũng khiến cá sấu nước mặn trở thành mục tiêu giết người của con người.
Cá sấu nước mặn phát triển mạnh ở các đại dương và biển ngoài khơi Đông Nam Á, Đông Ấn Độ và một phần của Úc. Quy mô dân số và tình trạng nguy cấp khác nhau giữa các nhóm khác nhau. Các ước tính đưa ra quy mô dân số toàn cầu từ 200.000 đến 300.000 loài động vật. Bất chấp tên gọi của chúng, những sinh vật sống dưới nước này sống ở những vùng nước ngọt ngoài vùng nước mặn.
Giống như nhiều loài cá sấu khác, mọi người trên khắp thế giới yêu cầu các bộ phận và sản phẩm từ những con cá sấu này, đặc biệt là da của chúng. Việc săn bắt trái phép vẫn tiếp tục tiềm ẩn nguy cơ đối với cá sấu, đặc biệt là những loài ở Australia, bất chấp việc thực hiện các biện pháp bảo vệ pháp luật. Theo luật pháp quốc tế, cá sấu nước mặn được bảo vệ thông qua phân loại trong Phụ lục I hoặc Phụ lục II. Những danh sách này cấm thu thập hoặc cho phép đánh bắt có giới hạn.
Mất môi trường sống, đặc biệt là ở Úc, cũng đe dọa quần thể cá sấu. Chúng ngày càng mất môi trường sống do con người xâm lấn và thay đổi đất đai, chủ yếu để sản xuất nông nghiệp. Việc chuyển đổi đất thành trang trại làm xáo trộn nơi làm tổ và sinh sản của cá sấu, vì những khu vực này bị trâu và gia súc phá hoại.
