Một số loài rắn, bao gồm Cropan’s boa, Ramsay’s python và Round Island boa, đang bị đe dọa tuyệt chủng vào năm 2014. Rắn biển mũi ngắn và vảy lá sống ở các rạn san hô xung quanh Úc cũng đang ở mức cực kỳ nguy cấp.
Rắn có ít động vật ăn thịt tự nhiên nên số lượng của chúng giảm đáng kể, vì vậy nguy cơ tuyệt chủng của các loài thường liên quan đến các nguyên nhân môi trường. Những loài rắn có khu vực sinh sống tương đối nhỏ, như rắn cạp nia Brazil và rắn lục San Francisco ở Bắc Mỹ, rất dễ bị đe dọa khi các khu định cư của con người xâm phạm môi trường sống tự nhiên của chúng. Boa ở Đảo Tròn trở nên cực kỳ nguy cấp, và họ hàng của nó là Boa ở Đảo Tròn đã tuyệt chủng, khi các loài động vật thuần hóa đưa đến đảo làm giảm đáng kể số lượng thằn lằn vốn là nguồn thức ăn chính của rắn.
