Động vật lưỡng cư sử dụng một số phương pháp hô hấp khác nhau, với những con non sử dụng mang và da trước khi chúng biến đổi thành những con trưởng thành sử dụng phổi và da. Tất cả các loài lưỡng cư luôn giữ cho da của chúng ít nhất là hơi ẩm để cho phép trao đổi khí. Lớp da mỏng của chúng có một loạt các mạch máu bên dưới để sử dụng các khí hấp thụ. Các loài khác nhau, ngay cả trong cùng một môi trường, cơ quan hô hấp của chúng cũng khác nhau.
Hầu hết các loài lưỡng cư bắt đầu cuộc sống như động vật sống dưới nước. Hầu hết mang của các loài lưỡng cư thực sự là các cấu trúc bên ngoài, chúng lộ ra ngoài hoàn toàn, chứ không phải là mang được bảo vệ nhiều hơn của cá. Một số loài kỳ nhông không bao giờ chuyển đổi từ việc có mang như vậy, những động vật thủy sinh còn lại có mang cả đời. Ngược lại, một số loài lưỡng cư được sinh ra như động vật trên cạn, với phổi thay vì mang. Các loài khác không có phổi hay mang, hoàn toàn dựa vào da để trao đổi khí.
Phổi của động vật lưỡng cư, khi có mặt, khác nhiều so với phổi của động vật có vú hoặc các loại phổi khác cao cấp hơn. Phổi của động vật có vú có cấu trúc giống như bọt biển giúp tăng đáng kể diện tích bề mặt của chúng và cho phép trao đổi khí hiệu quả hơn rất nhiều. Phổi lưỡng cư là cơ quan đơn giản hơn nhiều, dạng túi. Bởi vì chúng là loài máu lạnh, nhu cầu năng lượng của động vật lưỡng cư nhìn chung ít hơn so với động vật có vú và chúng có xu hướng chỉ sử dụng phổi đôi khi.
