Theo Trường Cao đẳng Khoa học Nông nghiệp Penn State, nhược điểm chính của việc làm mềm nước là tiềm ẩn nguy cơ sức khỏe cho những người đang ăn kiêng ít natri, vì làm mềm nước có thể làm tăng lượng natri của một người. Hơn nữa, nước mềm không thích hợp để uống. Bởi vì kim loại hòa tan một phần trong nước, khi nước được làm mềm, nó sẽ rửa trôi kim loại từ đường nước mạnh hơn nhiều.
Aquatechnology giải thích rằng với nước mềm, khả năng cao là dòng nước lạnh ban đầu từ vòi có chứa hàm lượng chì cao hơn bình thường. Vì vậy, nước làm mềm từ vòi không được sử dụng để uống hoặc nấu ăn. Chất làm mềm nước không hiệu quả trong việc loại bỏ chì và các kim loại khác, clo và các sản phẩm phụ của clo.
Hơn nữa, Aquatechnology chỉ ra rằng thành phần clorua của hợp chất natri hoặc kali clorua trong nước mềm có ý nghĩa nghiêm trọng đối với quá trình hydrat hóa của con người và thực vật vì kali và clorua hạn chế dòng nước tự do vào các tế bào của cơ thể. BBC chỉ ra rằng nước làm mềm chỉ nên dùng để giặt quần áo.
Máy làm mềm nước cũng đắt tiền vì chúng lãng phí tới 120 gallon cho mỗi 1.000 gallon được phân phối. Bảo trì là một vấn đề khác. Trường Cao đẳng Khoa học Nông nghiệp Bang Penn tuyên bố rằng thông thường cần phải trả tiền cho mọi tính năng bổ sung đối với các mô hình có tính năng đặc biệt.
