Những nhược điểm của nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung bao gồm việc phân phối tài nguyên không hiệu quả và sự kìm hãm tự do kinh tế. Nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung thường gắn liền với các nhà nước chính trị độc tài.
Trong nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung, các nhà hoạch định không thể dự đoán chính xác sở thích, thặng dư và thiếu hụt của người tiêu dùng, vì vậy họ không thể phân bổ nguồn lực một cách hiệu quả. Điều này dẫn đến tình trạng dư thừa hàng hóa không bán được ở một số khu vực và thiếu hàng hóa có nhu cầu cao ở một số khu vực khác. Trong nền kinh tế thị trường tự do, việc phân bổ các nguồn lực khan hiếm được quy định bởi hệ thống giá cả, do đó, các nguồn lực sẽ đi đến nơi cung và cầu quyết định. Một ví dụ về nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung là Liên Xô cũ, vốn hoạt động như một nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung từ Cách mạng Bolshevik năm 1917 cho đến khi Đảng Cộng sản sụp đổ năm 1991.
Quy hoạch kinh tế tập trung cũng ngăn cản quyền tự do kinh tế, vì công dân không có động cơ để đổi mới hoặc chấp nhận rủi ro kinh doanh. Mong muốn kiếm được lợi nhuận là một nền tảng của hệ thống thị trường tự do. Các nhà hoạch định trung ương ngăn chặn động cơ lợi nhuận bằng cách lấy các quyết định từ các doanh nhân và chuyển giao chúng cho chính phủ. Nhà kinh tế học Adam Smith tin rằng xã hội vận hành tốt nhất khi nền kinh tế được dẫn dắt bởi một "bàn tay vô hình", phần thưởng cho sự tự do kinh tế cá nhân và chấp nhận rủi ro. Kế hoạch tập trung còng tay "bàn tay vô hình".
