Nhược điểm của việc sử dụng hệ thống thông tin địa lý, hoặc GIS, là bản chất kỹ thuật của nó có thể mô tả kết quả đáng tin cậy hơn thực tế và các lỗi và giả định có thể bị che giấu, dẫn đến thiếu câu hỏi về kết quả. Một nhược điểm khác của việc phân tích kết quả từ GIS là kết quả sẽ chỉ chính xác như dữ liệu mà chúng thu được. Do đó, dữ liệu có thể không đáp ứng được các ngữ cảnh khác nhau, đặc biệt nếu dữ liệu không thể áp dụng được.
Ví dụ: nếu dữ liệu đầu vào trên GIS được nhập ở cấp quận, thì kết quả trong GIS sẽ chỉ có thể sử dụng được cho cấp quận chứ không phải bất kỳ cấp nào khác, chẳng hạn như cấp quận hoặc phường. Bản thân tính khả dụng của dữ liệu cũng là một vấn đề lớn. Nếu dữ liệu không có sẵn, hệ thống GIS sẽ vô dụng.
Hơn nữa, hệ thống GIS không giống như các chương trình khác. Chúng không "rời khỏi kệ", có nghĩa là chúng phải được lắp ráp và xây dựng theo thiết kế của người dùng. Đây có thể là một quá trình lâu dài, phức tạp và tốn kém. Do đó, nhiều hệ thống GIS không đạt được hiệu quả hoặc thất bại hoàn toàn trong quá trình triển khai vì việc tạo ra chúng quá gấp rút hoặc không được lên kế hoạch đầy đủ.
Trên thực tế, các hệ thống GIS thường phức tạp đến mức khó mô tả những lợi ích vô hình mà chúng có thể mang lại, gây khó khăn cho việc tìm kiếm nguồn tài trợ cho việc tạo ra chúng. Ngoài ra, công nghệ đằng sau công nghệ GIS mở rộng nhanh chóng, khiến các hệ thống GIS có tỷ lệ lỗi thời cao. Cũng rất khó để tạo ra các chương trình GIS vừa nhanh vừa thân thiện với người dùng. Hệ thống GIS thường yêu cầu ngôn ngữ lệnh phức tạp. Các trường dữ liệu và khả năng truy cập của chúng cũng không được hiểu rõ và dữ liệu có thể trở nên không đầy đủ, lỗi thời hoặc sai sót, làm cho GIS bị sai lệch.
